PCR实验室设计的核心问题是如何避免污染。在实际工作中，常见的污染有以下几种：扩增物的污染；天然基因组DNA的污染；试剂的污染和样品之间的污染。因为一旦发生污染，就必须停止实验直到找到污染源，并且必须使实验结果无效并必须重复实验。因此，污染发生后要在实验室附近寻找污染源既费时又费力，浪费人力和物力。因此，为避免污染，应首先预防而不是消除污染。
PCR实验室装修严格的工作区划分
（1）每个实验区的设置合理；
（2）每个实验区域必须有明显的标记（例如醒目的门牌号或不同的底色等），以避免在不同实验区域混淆设备和试剂。
合理的系统设置
（1）合理的空调通风系统设置，尽量使用全排风和全排风空调系统；
（2）严格的气流压力控制，确保不同实验区域的压力要求。
PCR实验室装修标准作业
（1）临床基因扩增检测实验室的技术人员经过上岗培训，培训合格后才能从事临床基因扩增检测工作；
（2）在实验操作过程中，操作员必须戴手套并经常更换。 另外，在操作中使用一次房子也是防止污染的有效措施。
（3）清洁工作及时，正确。 实验工作结束后，必须立即清洁该区域。 除了用常规消毒液擦拭和消毒表面或用紫外线照射消毒外，还应对某些实验设备进行高压灭菌。
PCR实验室装修严格管理
（1）严格控制人员进出实验室。与实验无关的人员不得随意进入和离开实验室，在条件允许的情况下，应设置独立的通道和门，以进入和离开整个实验区域；
（2）在每个实验区域使用明显标志明显的工作服（如颜色不同），工作人员离开时不要将其带到其他区域；
（3）尽量减少在实验区域内不必要的步行，以减少交叉污染的可能性。
（4）扩增产物分析区域是扩增产物污染的主要来源。 废液不能倒入实验室。 必须将其浸入消毒剂中并消毒，然后从实验室丢弃。 用过的吸头是一次性的。 浸泡和用消毒剂（如焚烧）消毒后，还应对材料进行均匀处理；
（5）扩增产物分析区域可能使用某些遗传突变和有毒物质，因此应特别注意实验人员的安全保护。